A Botanikus Kert főbejáratától jobbra, a Látványparkkal szemben és az új üvegház épülete mögött lévő szabad területen került kialakításra a Japánkert. Az évezredes hagyományokkal rendelkező és azokat máig megőrző japán kultúrában nagy szerepet játszik a természet és annak kapcsolata az emberrel. A Japánkert közepén kialakított tóban sokszínű tündérrózsák és lótuszok kaptak helyet.
Eredeti ázsiai növényeket ajándékozott a Vácrátóti ŐBKI Botanikus Kert erre a területre. Látható a kínai mamutfenyő vagy ősfenyő (Metasequioa glyptostroboides), mely ősszel vörösödő lombját lehullató, hazájában 60 méter magasra növő fa. 1941-ben fedezték fel Kínában, előtte csak kövületekből ismerték és rég kihaltnak vélték. Több egyede látható a liliomfának (Magnolia x soulengeana). Virágai rózsaszínűek, húsos szirmúak, tulipánszerűek, ezért – tévesen - tulipánfa néven is emlegeti a nagyközönség. Április végén - május elején virágzik. A madárbirs (Cotoneaster horizontalis) ősszel élénkpiros terméseivel díszít. A Japánkertet bambusz (Phyllostachys sp.) veszi körbe, jól kiemeli a pagoda és a híd pirosas színét.
